연구행정부
  • 연구 조직·인력 총괄 및 연구기획·조정·평가에 관한 사항
  • 연구개발사업(연구과제 및 연구용역 포함) 총괄 관리(사전심의 및 사후관리 등)에 관한 사항
  • 연구 성과평가 및 연구 인프라 구축에 관한 사항
  • 도서자료관리(도서관) 및 전자정보 운영에 관한 사항
  • HIRA 정책동향 및 심평포럼 운영에 관한 사항
  • 급여 정책 및 보장성확대 방안 등 연구에 관한 사항
  • 건강보험 제도(지불제도 포함) 개선 및 의료급여 등 연구에 관한 사항
  • 심사제도, 심사효율화 등 연구에 관한 사항
  • 요양급여 적정성평가 방법ㆍ모형개발, 성과지불제(P4P) 개발·평가, 질 향상 정책 등 연구에 관한 사항
  • 의료장비 급여, 장비가격 및 사용량평가, 치료재료 평가 등 연구에 관한 사항
  • 약제정책, 의약품 경제성평가, 의약품 사용 적정성 등 연구에 관한 사항
  • 항생제 내성관리 관련 사용량 심층분석, 내성정보 연계 등 정책지원 총괄에 관한 사항
  • 의료행위·치료재료에 대한 의료기술평가 관련 연구에 관한 사항
  • 환자안전 모니터링과 평가, 향상 등 연구에 관한 사항
  • 급성기 이후 전달체계 및 수가ㆍ지불제도 개선 연구에 관한 사항
  • 기관생명윤리위원회(IRB) 및 객원연구위원 운영에 관한 사항
  • 기타 부서내 업무혁신 및 업무조정에 관한 사항
국제협력부
  • 국외 유관기관과의 협력·교류 증진 총괄에 관한 사항
  • 국제연수사업 및 외국인 방문단 운영에 관한 사항
  • 국제심포지엄·국제의료질관리학회(ISQua)에 관한 사항
  • 공적개발원조(ODA) 사업 추진에 관한 사항
  • 국제기구(OECD, WHO 등)와의 협력에 관한 사항
  • 진료비 관리체계 고도화를 위한 국가간 협력에 관한 사항
  • 건강보험 해외진출 지원에 관한 사항
  • 기관 영문소개 자료 작성 및 발간에 관한 사항
  • 기관 영문홈페이지 운영에 관한 사항
  • 외국의 제도 운영 사례 및 동향 조사에 관한 사항